雁峰书院的前身是雁峰社学，位于研经书院（研经书院是清末爱国诗人冯骥声于1884创建的，其遗址在今府城鼓楼之东）东边的原府学宫故址上。
乾隆三十五年（1760年）府学宫迁移时，琼州府将其遗址改作试院，但仍剩下不少空地。第三年，琼山乡绅吴位和、吴必禄、杜常辉、冯文蚧、温星阳、温维新、何朝辅、毛映斗等人共集白银2000两在试院旁创办了一间社学，延请名师教育本县子弟。因名贤丘濬曾在此处读书，写过一篇《雁集琼庠序》，又因社学对面不远处有座三元峰，峰上有明人创建的三元塔，故将社学命名为“雁峰”。雁峰社学草创时有讲堂5间，斋舍12间，大门3间。这是当时府城的唯一社学。后来，雁峰社学岁久倾颓，至道光三年（1823年），吴典季弟吴玢等人首倡，由知县于学质主持，共集资光洋5400多元，加上原由吴玢掌管的社学经费本息银2200多元，对社学进行重修，并改社学为书院，院名仍冠“雁峰”两字。雁峰书院只招收琼山籍的生童，属于县级书院。至此，琼州13州县都有了自己的书院。首任院长为琼山县著名学者王承烈担任，他连续在该书院主讲时间长达12年。
道光九年（1829年），知县苏启召集乡绅捐款得光洋3800元作为书院经费。书院的正课生童膏火数额和琼台书院相同。
咸丰元年（1851年），知县张霈重建。
光绪二十八年（1902年），知县刘福宋将研经书院和雁峰书院合并，成立琼山县两等小学。第二年，知县方绍震力加整顿，延请理化洋文教员进行教学，校长由琼山名士曾对颜担任。至宣统元年（1909年），校名改为琼山第一高等小学校，由名士张瑞銮任校长。
民国2年（1913年），改为琼山县立中学。
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