发展和改革委员会
自然资源和规划局
旅游和文化广电体育局
生态环境局
农业农村局
科学技术工业信息化局
财政局
人力资源和社会保障局
教育局
卫生健康委员会
公安局
司法局
民政局
民族事务局
住房和城乡建设局
交通运输局
审计局
水务局
退役军人事务局
应急管理局
统计局
市场监督管理局
林业局
医疗保障局
扶贫工作办公室
行政审批服务局
综合行政执法局
说明：
文昌市人民政府设置工作部门27个。其中，办公室挂金融工作办公室、海防办公室、信访局、机关事务管理局牌子；发展和改革委员会挂商务局（口岸办公室）、国民经济动员办公室、粮食和物资储备局牌子；自然资源和规划局挂海洋局（海洋执法大队）牌子；科学技术工业信息化局挂科技信息动员办公室牌子；财政局挂国有资产监督管理委员会牌子；住房和城乡建设局挂人民防空办公室牌子；交通运输局挂交通战备办公室牌子；应急管理局挂地震局牌子；综合行政执法局挂城市管理执法局牌子；民族事务局与市委统一战线工作部合署办公，不计入机构个数。
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